洁净棚内的气流是左右洁净室性能的重要因素，一般洁净室的气流速度是选0.25~0.5m/s之间，此气流速度属微风区域，易受人、机器等的动作而干扰趋于混乱、虽提高风速可抑制此一扰乱之影响而保持洁净度、但因风速的提高，将影响运转成本的增加，所以应在满足要求的洁净度水准之时，能以最适当的风速供应，以达到适当的风速供应以达到经济性效果。
另一方面欲达到洁净室洁净度之稳定效果，均一气流之保持亦为一重要因素，均一气流若无法保持，表示风速有异，特别是在壁面，气流会延着壁面发生涡流作用，此时要实现高洁净度事实上很困难。
垂直层流式方向要保持均一气流必须:(a)吹出面的风速不可有速度上的差异;(b)地板回风板吸入面之风速不可有速度上的差异。速度过低或过高(0.2m/s，0.7m/s)均有涡流之现象发生，而0.5m/s之速度，气流则较均一，一般洁净室，其风速均取在0.25~0.5m/s之间。
影响洁净棚的气流因素很多，如制程设备、人员、洁净室组装材、照明器具等，同时对于生产设备上方气流的分流点，亦应列入考虑因素。
一般操作台或生产设备等表面的气流分流点，应设于洁净室空间与隔墙板间距2/3之处，如此可使作业人员工作时，气流可从制程区内部流向作业区，而将微尘带走;若分流点配置在制程区前方，将成为不当的气流分流，此时大部份的气流将流至制程区之后，作业员操作所引起的尘埃将被带到设备后面，工作台因而将受到污染，良率也势必降低。
洁净室内的工作桌等障碍物，在相接处均会有涡流现象发生，相对地在其附近之洁净度将会较差，在工作桌面钻上回风孔，将使涡流现象减少最低;组装材料之选择是否恰当、设备布局是否完善，亦为气流是否成为涡流现象之重要因素。
风机从FFU顶部将空气吸入，经初效过滤器，高效过滤器过滤，过滤后的洁净空气在整个出风面以0.45m/s±20%的风速匀速送出到洁净棚内。形成均流层，使洁净空气气流呈垂直单向流，从而保证了工作区内所要求的洁净度。
洁净棚是能快速组建的简易洁净室,其具有安装快速、施工周期短、价格低廉、移动方便等特点，把主要生产工序控制在较小的环境内也是洁净室设计的最佳选择。
洁净室发菌量主要来自工作人员产生的污染:
1)皮肤:人类通常每四天完成一次皮肤的完全脱换，人类每分钟脱落约1000片皮肤(平均大小为30*60*3微米)
2)头发:人类的头发(直径约为50~100微米)一直在脱落。
3)口水:包括钠、酶、盐、钾、氯化物及食品微粒。
4)日常衣物:微粒、纤维、硅土、纤维素、各种化学品和细菌。
5)人类静止和坐立每分钟将产生10000个大于0.3微米的微粒。
6)人类在头部和躯干做动作时每分钟将产生1000000个大于0.3微米的微粒。
7)人类以0.9m/s的速度行走时每分钟将产生5000000个大于0.3微米的微粒。
分析国外试验资料可以认为:
(1) 洁净室内当工作人员穿无菌服时:静止时的发菌量一般为10-300个/min.人躯体一般活动时的发菌量为 150-1000个/min.人 快步行走时的发菌量为 900-2500个/min.人;
(2) 咳嗽一次一般为 70~700个/ min.人 喷嚏一次一般为 4000~62000个/ min.人;
(3) 穿平常衣服时发菌量 3300~62000个/ min.人;
(4) 无口罩发菌量:有口罩发菌量 1:7~1:14;
(5) 发菌量:发尘量 1:500~1:1000
(6) 手术中人员发菌量 878个/ min.人所以，可知洁净室内无菌衣人员的静态发菌量一般不超过300个/ min.人，动态发菌量一般不超过1000个/ min/人，以此作为计算依据是可行的。
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