洁净空调系统一般分为三大类：
1、集中式洁净空调系统 ：在系统内单个或多个洁净室所需的净化空调设备都集中在机房内，用送风管道将洁净空气配给各个洁净室。
2、分散式洁净空调系统：在系统内各个洁净室单独设置净化设备或净化空调设备。
3、半集中式洁净空调系统：在这种系统中，既有集中的净化空调机房，又有分散在各洁净室内的空气处理设备。是一种集中处理和局部处理相结合的形式。
人们一般按系统内各洁净室的洁净度来命名系统，如称之为100级净化空调系统，1000级净化空调系统等。有时也按系统的末级过滤器的性质来区分，分高效空气净化系统，亚高效空气净化系统和中效空气净化系统。
主要有如下特点
1、在机房内对空气集中处理，进而送进各个洁净室。
2、由于设备集中于机房，对噪声和振动较容易处理。
3、一个系统控制多个洁净室，要求各洁净室同时使用系数高。
4、集中处理后的洁净空气送入各洁净室，以不同的和气流形式来实现各洁净室内不同的洁净度。
集中式洁净空调系统适用于工艺生产连续、洁净室面积较大、位置集中，噪声和要求严格的洁净厂房。一般有如下三种形式：
1、直流式：系统所处理的空气全部来自室外，处理后送入室内，然后又全部排出室外。该系统方式冷、热量消耗最大，工程投资和运行费用较高，当洁净室内散发大量的有害气体，而局部排风不能解决时，采用该方式。
2、封闭式：该系统所处理的空气全部来自空调房间本身，循环往复。当洁净室内无人长期逗留，仅仅为存放或为保证精密仪器正常运行，或一些无需从外界获得新鲜空气的特殊场合，可以采用封闭式系统。封闭式系统没有室外新风，系统消耗冷、热量最少，但卫生条件最差。
3、混合式：该系统不仅吸取一部分室外新风，而且还利用一部分回风，根据回风形式，有和二次回风系统。这种系统既能满足卫生要求，又经济合理，应用最为广泛。
分散式洁净空调系统
对于一些生产工艺单一，洁净室分散，不能或不宜合为一个系统，或各个洁净室无法布置输送系统和机房等场合，应采用分散式洁净空调系统 ，在该系统中把机房、输送系统和洁净室结合在一起，自成系统。在分散式洁净空调系统中，在各个洁净室或邻室内就地安装净化和空调设备或净化空调设备。 净化空调设备可以是一个定型机组产品，它具有净化功能，但处理的风量较少，往往不能满足较高洁净度的洁净室所需风量，系统处理过程往往。
由于净化空调设备内风机要求克服盘管、通道及几级过滤器的阻力，所需压力很高。为了安装于设备内，体积不可能很大；如采用较高转数来达到所需压力，噪声震动又较大。国内设备状况，这类机组发展较慢。众所周知，洁净室内除了一些必要设备外，尽可能把设备设置在室外，加上人员人数严格控制等，洁净室的热通常比普通空调室小，但需风量却比一般空调室大，这就从另一个角度限制了净化空调设备的使用范围。为了解决这一题，正分散式净化空调系统中，可以将风机一过滤器单元等局部净化设备放在洁净室内，或设置于邻室、套间，内等处而与洁净室相联。或利用邻室、套间，顶棚等作，并在内设置普通，以作混风和空处理用。它的处理过程可看作二次回风。 空调机组实际上是一个小型空调系统，它的冷源通常采用压缩式制冷机组，热源在容量不大和要求灵活性大时可采用电热。空气处理设备主要是的蒸发器，电加热器。当洁净室温度，湿度全年的控制精度要求较高，可采用它能自动调节空气温温度，以维持室内一定温度，湿度。当洁净室仅要求夏季，即仅在夏季降温去湿，可采用冷风机组。它与恒温恒温机组主要区别在于没有自动控制（采用手动控制），电加湿器和电加热器。如果是容量小的空调机组（冷量小于7kW,风量小于1200m 3/h）可做成窗台式。容量大的（冷量小于70kW，风量小于20000m3/h）为立柜式。
上述这种将空调和净化两种功能分开处理的作法，不仅解决洁净室热湿负荷小、处理风量大的难题，而且使系统更为灵活。由于利用套间或顶棚作，使空气环路断面大-输送路线短，对空调机组和净化设备的风机压头要求不高，因此相应噪声与能耗也不高．净化设备也可适应洁净室需要，采用多种形式，与空调机组几乎没有关联．这种形式在我国应用很广泛。但是这种系统的新凤往往只是靠套间或顶棚等产生负压而渗透进来，不能有效控制，无法满足室内卫生要求。洁净空间内可通过送风量差值控制来建立正压，但在套间中的负压并不一定使室外新风通过新风过滤器进入套间，往往透过其他途经（从走廊及窗等）渗入，套间内浓度很不稳定．这样不仅会影响过滤器使用期，而且也可能涉及到洁净空间内的洁净度，这是一个易被人忽视的问题。象上海城市建设学院的多功能洁净实验室，就在套间中增设了亚高效新风净化机组。由于它配有可调风量风机，不仅可使套间内保持正压，稳定套间内空气浓度；而且保证了洁净空间内新风补给。 某些场合也可以用中效新风净化机组。
全分散式净化空调系统的最大特点就是灵活、简易。它可满足不同房间的不同送风要求。当室内热变化时，调节系统反应快，也不影响其他各室进风参数，洁净空间小而单一，管理比较方便，洁净度也易保证。加上没有输送管系及专用机房，节约了输送能耗及沿途冷热损失和污染，减少了辅助占地面积。另外体积小，现场安装工作量少，操作使用也方便，不需要专门熟练操作工人。
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